Дело по статье 201 УК РФ (злоупотребление полномочиями) было заведено на Гаева в 2011 году. Генпрокуратура посчитала, что Гаев причинил московскому метрополитену и правительству Москвы ущерб на сумму свыше 112 миллионов рублей. Эту сумму в 1999 году Гаев получил в качестве вознаграждения от метрополитена за запатентованную им в 1998 году "Автоматизированную систему оплаты проезда и проверки проездных документов на транспорте".
В конце марта 2012 года Следственный департамент МВД РФ прекратил дело в отношении Гаева, так как не увидел ничего противозаконного в заключении лицензионного договора и получения в соответствии с ним 112 миллионов рублей.
В Генпрокуратуре, однако, заявили, что постановление Следственного департамента о прекращении дела является незаконным, и направили дело на дополнительное расследование. В Генпрокуратуре подчеркнули, что Гаев нарушил патентное законодательство, оформив заявку, а затем получив патент на изобретение, не на предприятие, а на себя как на физическое лицо.
В сообщении также подчеркивается, что Генпрокуратура выявила другие нарушения при принятии решения о прекращении уголовного преследования Гаева. О каких именно нарушениях идет речь, не уточняется.
Дмитрий Гаев занимал пост начальника ГУП "Московский метрополитен" с 1995 по 2011 год. Его отставке предшествовала серия публикаций в СМИ о многочисленных нарушениях законодательства, выявленных Генпрокуратурой при проверке деятельности метро. Гаев обвинения в свой адрес отвергал.