По версии обвинения, преступные действия подсудимых по хищению нефти были пресечены в 2003 году в связи с их арестом по первому делу, связанному с хищением акций "Апатита". Однако судья согласился с тем, что Ходорковский и Лебедев, даже находясь под стражей, продолжали давать указания о переводах за рубеж денежных средств, вырученных от реализации похищенной нефти.
Суд пришел к выводу, что вина подсудимых в преступлениях полностью доказана, в том числе показаниями свидетелей и документами. Фигуранты дела отрицают свою вину и заявляют, что в их действиях не было состава преступления.
Оглашение приговора Ходорковскому и Лебедеву началось утром 27 декабря. Подсудимых признали виновными в хищении 218 миллионов тонн нефти и отмывании полученных средств на общую сумму в 487 миллиардов рублей и 7,5 миллиарда долларов. Суд пришел к выводу, что обвиняемые "совершили хищение чужого имущества, действуя в составе группы лиц по предварительному сговору и с использованием своего служебного положения". Подсудимым грозит 14 лет лишения свободы.
По первому делу Ходорковский и Лебедев были осуждены в 2005 году. Срок их наказания истекает в 2011 году.