Вместе с тем, следователь Борис Кибис заявил, что, следственное управление МВД России готово прекратить дело против Магнитского по нереабилитирующим обстоятельствам - то есть, в связи с его смертью. "Если родственники согласны, дело будет незамедлительно прекращено в связи со смертью, если не согласны - тогда я передам его в суд, - заявил Кибис. - И суд либо оправдает, либо, если не найдет оснований для его реабилитации, то прекратит в связи со смертью опять же". Отказ реабилитировать Магнитского следствие объясняет тем, что удалось доказать причастность умершего к преступлениям.
Юрист фонда Hermitage Capital Сергей Магнитский, обвинявшийся в неуплате налогов, умер 16 ноября 2009 года в больнице СИЗО "Матросская Тишина". По официальной версии, он скончался от сердечно-сосудистой недостаточности, однако родственники умершего заявляют, что ему намеренно не оказали медицинскую помощь. Согласно докладу Hermitage Capital, юриста фонда неоднократно избивали, кроме того, сотрудники СИЗО не обращали внимания на его жалобы на здоровье.
После смерти Магнитского дело против него было прекращено, однако в августе 2011 года, после того как Конституционный суд разрешил в целях реабилитации вести дела умерших обвиняемых, прокурор Гринь возобновил расследование. Как сообщает "Интерфакс", Останкинский суд, вынося решение не в пользу родственников юриста, руководствовался именно возможностью последующей реабилитации умершего, а также "многочисленными жалобами". Адвокат семьи Магнитского Николай Горохов намерен обжаловать решение суда.
В декабре 2011 года Наталья Магнитская рассказала, что следователь Кибис предлагал ей отказаться от попыток добиться реабилитации сына в обмен на прекращение дела, но она отвергла его предложение. За три месяца до этого Тверской суд Москвы отказался рассматривать еще одну жалобу матери Магнитского, объяснив свое решение "слабой мотивировкой обращения".