Обвинение требовало приговорить Короткова к трем годам лишения свободы и штрафу в размере 400 тысяч рублей. Защита просила полностью оправдать чиновника.
Леонида Короткова судили по трем эпизодам. Во-первых, его обвиняли в том, что в 2003-2006 годах он увеличил тарифы на электроэнергию и отопление для жителей Амурской области, а вырученные деньги направил на нужды футбольного клуба "Амур". Во-вторых, Коротков, по мнению следствия, приобрел дорожную технику по завышенным ценам, нанеся государству ущерб в размере трех миллионов рублей. В-третьих, бывшему губернатору вменяли незаконное выделение из областного бюджета 16 миллионов рублей для поддержки ООО "Прииск Дамбуки".
Уголовное преследование Короткова было начато в 2007 году, однако большую часть первоначальных обвинений с него сняли. Вскоре после возбуждения уголовного дела губернатор был отстранен от занимаемой должности в связи с утратой доверия.